La FISF s'articule autour de trois organes :
- L'Assemblée générale, l’organe général de direction de la FISF, regroupant les présidents des fédérations membres effectifs.
- Le Conseil d'administration, composé de représentants élus par les membres effectifs, et responsable de la gestion et de la coordination de toutes les activités.
- Le Comité directeur, formé des membres du Conseil d'administration, des présidents des fédérations membres effectifs et des présidents des commissions techniques, à qui le Conseil d’administration délègue la gestion courante au plan technique.
Les commissions techniques élaborent les projets et règlements dans les domaines qui leur sont propres.
